특수본은 윤 대통령에 대한 구속기간 연장을 두 차례 신청했으나 법원이 모두 불허했다. 법원은 고위공직자범죄수사처(공수처)가 수사한 사건을 검찰이 보완수사하는 것이 공수처법 입법 취지에 맞지 않는다고 판단했다.

검찰은 1차 구속기간 만료일인 26일을 앞두고 25일 대검찰청 검사장회의를 개최해 윤 대통령 사건 처리를 논의했다. 결국 구속기간 만료 하루 전인 26일, 윤 대통령을 구속기소하기로 결정했다.

특수본은 "그동안 수사한 공범 사건의 증거자료, 경찰에서 송치 받아 수사한 사건의 증거자료 등을 종합 검토한 결과, 피고인에 대해 기소함이 상당하다고 판단하였다"고 밝혔다. 또한 윤 대통령이 구속 이후에도 증거인멸 우려가 해소되지 않았다고 판단했다.

다만 특수본은 "경찰 송치 사건과 공수처 송부 사건의 범죄사실 중 현직 대통령의 불소추특권(헌법 제84조) 범위에 해당하지 않는 내란우두머리 혐의에 대해서만 구속 기소하였다"고 설명했다.